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基因组的三维立体结构的主要组成是DNA和蛋白质。研究基因组的三维立体结构就是研究DNA与蛋白之间的互作。ChIP一直是研究蛋白与DNA互作的重要方法。他可以显示众多调节蛋白在基因组上的分布。下表是生物体内常见的几种DNA调节蛋白。

Histone是核小体的基本组成蛋白，核小体是染色质的基本组成单位。组蛋白的修饰（如：甲基化，乙酰化，磷酸化等）使核小体在DNA上发生移动，改变核小体的位置。这使得特定的组蛋白修饰代表特定的生物学特征。例如H3K27ac代表激活型启动子区域，H3K27me3代表抑制型启动子区域，等等。

除了组蛋白外，还有一类重要的调控元件-转录因子来调节染色质的结构和功能，然而，转录因子要与RNA聚合酶II互作，才可以调控基因表达。

CTCF是一类重要的绝缘子蛋白，与RAD21蛋白形成稳定的3维立体结构区域，维持染色质的正常形态。

另外，您需要根据目的基因的表达情况选择相应的ChIP组合方式。

ChIP-seq数据分析

ChIP-seq的数据呈现形式是多种多样的。但主要以3种形式出现在文章中。

1.最常见的peak图

2.研究转录起始位点的TSS距离分布图，可以清楚的观察到TSS位点处，多种蛋白的分布情况。

3.比较直观的热图，可以清楚的看出同一DNA区域，不同蛋白的分布情况，以及同一蛋白在不同DNA区域的分布情况。