项目名称:CHIRP

CHIRP

所属分类:IP类实验

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 CHIRP(Chromatin Isolation by RNA Purification)是一种检测与RNA绑定的DNA和蛋白相互作用的方法,可同时分析lncRNA/circRNA 、蛋白及DNA三者互作关系。利用ChIRP-seq技术可用于在全基因范围内定位lncRNA/circRNA的结合位点和可能结合的其他RNA分子,是揭示位于细胞核内lncRNA/circRNA 生物学机制的关键实验手段。该方法是通过设计与目标RNA序列反向互补的生物素探针,把目标RNA拉下来以后,与其共同作用的DNA染色体片段就会附到链霉亲和素磁珠上,最后通过qRT-PCR或测序来测定目的RNA、DNA序列,亦或是通过Western或质谱分析来测定蛋白。


ChIRP流程图.png

服务优势:

1)、CHIRP实验可研究细胞体内互作;

2)、CHIRP实验既同时可研究RNA、蛋白质和DNA形成的复合体之间的互作;也可研究它们之间的两两互作;

3)、利用CHIRP-MS实验寻找与目的lncRNA结合的蛋白,可不受lncRNA长度的限制;

4)、利用CHIRP实验可研究circRNA与蛋白质或DNA之间的互作。


服务内容:

可用于研究RNADNA互作

可用于研究RNA与蛋白互作

可用于研究DNA与蛋白互作


服务流程:

(1)、CHIRP-RNA:探针设计与合成→细胞交联→细胞裂解、超声处理→探针杂交→复合物纯化→RNA回收与纯化→NGS或qRT-PCR检测;

(2)、CHIRP-DNA:探针设计与合成→细胞交联→细胞裂解、超声处理→探针杂交→复合物纯化→DNA回收与纯化→NGS或qPCR检测;

(3)、CHIRP-Protein:探针设计与合成→细胞交联→细胞裂解、超声处理→探针杂交→复合物纯化→蛋白分离→质谱鉴定。


客户提供:

需要研究的RNADNA或蛋白名称及序列

所研究的细胞


我们提供:

实验报告(材料、试剂、仪器、方法、数据分析、实验结果)。


其他注意事项:

1、目标lncRNA/circRNA的表达丰度:

2、如果目标lncRNA/circRNA表达丰度较低,需要进行过表达以确保ChIRP成功;