技术服务描述

 CHIRP(Chromatin Isolation by RNA Purification)是一种检测与RNA绑定的DNA和蛋白相互作用的方法，可同时分析lncRNA/circRNA 、蛋白及DNA三者互作关系。利用ChIRP-seq技术可用于在全基因范围内定位lncRNA/circRNA的结合位点和可能结合的其他RNA分子,是揭示位于细胞核内lncRNA/circRNA 生物学机制的关键实验手段。该方法是通过设计与目标RNA序列反向互补的生物素探针，把目标RNA拉下来以后，与其共同作用的DNA染色体片段就会附到链霉亲和素磁珠上，最后通过qRT-PCR或测序来测定目的RNA、DNA序列，亦或是通过Western或质谱分析来测定蛋白。

服务优势：

（1）、CHIRP实验可研究细胞体内互作；

（2）、CHIRP实验既同时可研究RNA、蛋白质和DNA形成的复合体之间的互作；也可研究它们之间的两两互作；

（3）、利用CHIRP-MS实验寻找与目的lncRNA结合的蛋白，可不受lncRNA长度的限制；

（4）、利用CHIRP实验可研究circRNA与蛋白质或DNA之间的互作。

服务内容：

可用于研究RNA与DNA互作

可用于研究RNA与蛋白互作

可用于研究DNA与蛋白互作

服务流程：

（1）、CHIRP-RNA：探针设计与合成→细胞交联→细胞裂解、超声处理→探针杂交→复合物纯化→RNA回收与纯化→NGS或qRT-PCR检测；

（2）、CHIRP-DNA：探针设计与合成→细胞交联→细胞裂解、超声处理→探针杂交→复合物纯化→DNA回收与纯化→NGS或qPCR检测；

（3）、CHIRP-Protein：探针设计与合成→细胞交联→细胞裂解、超声处理→探针杂交→复合物纯化→蛋白分离→质谱鉴定。

客户提供：

需要研究的RNA、DNA或蛋白名称及序列

所研究的细胞

我们提供：

实验报告（材料、试剂、仪器、方法、数据分析、实验结果）。

其他注意事项：

1、目标lncRNA/circRNA的表达丰度：

2、如果目标lncRNA/circRNA表达丰度较低，需要进行过表达以确保ChIRP成功；