RNA pull - down Model Figures
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实验技术流程
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实验常见问题
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结果分析
对于一幅RNA pull-down实验结果Figure，应包含位点作用示意图、WB或质谱结果数据分析图，并应在Supplement中补充相关的验证性实验图片，具体如下图所示。
RNA 序列： G表示空间构象的变化， AS表示互补链的的二级结构， S表示正义链的二级结构。
Figure A：
用不同的A、AS、G RNA序列去Pulling Down蛋白符合物，并用不同的KCL浓度梯度洗脱。蛋白抗体NCL hnRNP U hnRNP F RPL7 hnRNP K的单抗进行WB实验。检测A AS G特定区段的结合的蛋白复合物的组分。
Figure B：
RNA Pull down后的将蛋白复合物进行质谱实验，发现结合蛋白NCL的肽段。不同RNA构象A、AS、G结合的肽段的不同。
Figure C：
通过重组NCL到GST上，通过GST Pull down 捕获符合物，进行qRT-PCR检测RNA片段AS、S、G和细胞组成型表达RNA（Unbound RNA GAPDH）。
Figure D：
RNA Pull down结果进行SDSPAGE电泳检测。上面四泳道分别为不同的RNA捕获方式，UTP生物素化，无生物素化等。
Supplement：
A RNA motif（结构域）注释和motif生物素化结合链霉亲和素。
B 在不同的处理条件下（ATP depletion）下进行RNA pulling down后用 Cup和Smaug 蛋白单抗进行WB检测。
C RNA Pull down的RNA探针，在加上Cap帽子结构和不加帽子的情况下捕获的蛋白用elF4G翻译延伸因子 CuP蛋白进行WB。有帽子结构的才能有翻译效应。
