技术服务描述

文库构建

样品质检合格后，Input样品，使用去核糖体转录组建库，IP样品，核糖体含量低，采用全转录组建库。

文库构建完成后，随后使用 Agilent 2100 Bioanalyzer 对文 库大小范围进行检测，插入的目的片段大小符合预期后，使用 Q-PCR 方法对文库的有效浓度进行准确定量（文库有效浓度 ＞3nM），以保证文库质量

库检合格后，将不同文库按照有效浓度及目标下机数据量的需求 pooling，采用 Nova PE150 模式进行测序。测序数据量 6G。

分析流程

circRNA的分析，我们采用最新circRNA分析软件CIRIquant。 首先对Raw reads进行过滤，去除接头序列、含N较多的序列及低质量的reads，获得高质量 数据（Clean reads）。然后通过与核糖体数据库进行比对，去除核糖体RNA 序列，获得effective reads，一方面，将effective reads 通过hisat2与参考基因组进行比对（mapping）通过string将mapping的reads组装成mRNA，产生mRNA表达矩阵。另一方面，effective reads 通过CIRI2预测circRNA的反向剪切位点（Back-splicing junction)，得到预测的circRNA,再将预测的circRNA重新匹配回反向剪切位点的reads,得到circRNA的表达矩阵，于此同时，两个方面联合分析可得到circRNA的剪切比率。