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实验技术流程

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实验常见问题

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结果分析

对于一幅RNA pull-down实验结果Figure，应包含位点作用示意图、WB或质谱结果数据分析图，并应在Supplement中补充相关的验证性实验图片，具体如下图所示。

      RNA 序列： G表示空间构象的变化， AS表示互补链的的二级结构， S表示正义链的二级结构。

      Figure A：

      用不同的A、AS、G RNA序列去Pulling Down蛋白符合物，并用不同的KCL浓度梯度洗脱。蛋白抗体NCL hnRNP U hnRNP F RPL7 hnRNP K的单抗进行WB实验。检测A AS G特定区段的结合的蛋白复合物的组分。

      Figure B：

      RNA Pull down后的将蛋白复合物进行质谱实验，发现结合蛋白NCL的肽段。不同RNA构象A、AS、G结合的肽段的不同。

      Figure C：

      通过重组NCL到GST上，通过GST Pull down 捕获符合物，进行qRT-PCR检测RNA片段AS、S、G和细胞组成型表达RNA（Unbound RNA GAPDH）。

      Figure D：

      RNA Pull down结果进行SDSPAGE电泳检测。上面四泳道分别为不同的RNA捕获方式，UTP生物素化，无生物素化等。

      Supplement：

      A RNA motif（结构域）注释和motif生物素化结合链霉亲和素。

      B 在不同的处理条件下（ATP depletion）下进行RNA pulling down后用 Cup和Smaug 蛋白单抗进行WB检测。

      C RNA Pull down的RNA探针，在加上Cap帽子结构和不加帽子的情况下捕获的蛋白用elF4G翻译延伸因子 CuP蛋白进行WB。有帽子结构的才能有翻译效应。

• 1 . 基因表达调控概述
  • 1.1. 转录调控与转录激活
  • 1.2. 转录后调控
  • 1.3. miRNA与lncRNA
• 2 . 基因表达调控研究进展
• 3 . 基因表达调控研究方法
• 4 . 基因表达调控主要实验技术
  • 4.1. 染色质免疫沉淀技术 ChIP
  • 4.2. RNA结合蛋白免疫沉淀技术 RIP
  • 4.3. RNA pull-down
  • 4.4. DNA pull-down
  • 4.5. 荧光素酶检测技术 Luciferase
  • 4.6. 凝胶迁移/电泳迁移率实验 EMSA