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长链非编码RNA（Long non-coding RNA，lncRNA）是一类本身不编码蛋白，长度在200-100000 nt之间的RNA分子。它可在多层面上（表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等）调控基因的表达。lncRNA最初被认为是RNA聚合酶II转录的副产物，是一种“噪音”，不具有生物学功能。研究表面，lncRNA参与了X染色体沉默、染色体修饰和基因组修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等过程，其调控作用正在被越来越多的人研究。
LncRNA可分为五类：Antisense lncRNA（反义长非编码RNA），Intronic transcript （内含子非编码RNA），Large intergenic noncoding RNA（lincRNA），Promoter-associated lncRNA（启动子相关lncRNA）以及UTR associated lncRNA（非翻译区lncRNA）。
哺乳动物蛋白编码基因占总RNA的1%，长链非编码RNA占总RNA的比例可达4%-9%，这些长链非编码RNA是基因功能研究的又一座宝库。目前发现的许多lncRNA都具有保守的二级结构，一定的剪切形式以及亚细胞定位。它们在基因组上相对于蛋白编码基因的位置，可以分为5种：正义链（sense）、反义链（antisense）、双向（bidirectional）、内含子间（intronic）、基因间（intergenic），其所在的位置与其功能有一定的相关性。
图1 不同位置lncRNA示意图
LncRNA具有以下特点：
1 lncRNAs通常较长，具有mRNA样结构，经过剪接，具有polyA尾巴与启动子结构，分化过程中有动态的表达与不同的剪接方式。
2 有组织特异性与时空特异性，不同组织之间的lncRNA表达量不同，同一组织或器官在不同生长阶段，其中的lncRNA表达量也会变化。
3 调控多样性，lncRNA可从染色质重塑、转录调控及转录后加工等多种层面实现对基因表达的调控。lncRNAs启动子同样可以结合转录因子，如Oct3/4，Nanog, CREB, Sp1, c-myc, Sox2与p53，局部染色质组蛋白同样具有特征性的修饰方式与结构特征。
4 序列上保守性较低，只有约12%的lncRNA可在人类之外的其它生物中找到。
5 在肿瘤与其他疾病中有特征性的表达方式。