1.3.1 转录因子相关数据库

转录因子是通过结合特异性DNA序列控制遗传信息从DNA到信使RNA的转录速率的蛋白，转录一男子可通过修饰（甲基化、去甲基化、乙酰化、去乙酰化等修饰）与启动子进行互作结合调控，产生促进或是抑制的效果。

我们介绍几种数据库信息，通过数据库查询整理、数据库功能及用途、示例结合分析、数据库优化等这四大项，进行阐述和演示数据库的查询和使用，希望对您的实验项目有所帮助

1. 数据库查询整理

①JASPAR: http://jaspar.genereg.net/

②PROMO: http://alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3

③GeneCards：http://www.genecards.org/Guide/Search

④Genomatix：http://www.genomatix.de/

⑤Neural Network Promoter Prediction：http://fruitfly.org:9005/seq_tools/promoter.html

2. 数据库功能及用途介绍：

①JASPAR：

The high-quality transcription factor binding profile database

数据库功能：

The JASPAR CORE database contains a curated, non-redundant set of profiles, derived from published collections of experimentally defined transcription factor binding sites for eukaryotes. The prime difference to similar resources (TRANSFAC, etc) consist of the open data acess, non-redundancy and quality.

②PROMO：

A virtual laboratory for the study of transcription factor binding sites in DNA

数据库功能：

Search for putative sites in your sequence

3. 示例结合分析：

3.1 JASPAR：以H19启动子和SP1转录因子预测信息为例

1. 打开主页面

2.点击选择研究的种属

3.输入对话框，查询转录因子信息

4. 输入H19的启动子信息，点击SCAN，即可获取

数据库优化：该款软件，可预测已经的启动子序列和已知的转录因子，查询预测结合的序列信息，对于未知的转录因子，无法预测

3.2 PROMO：

以H19启动子和SP1转录因子预测信息为例

1. 打开主页面

2.点击select species选择研究的种属

3.点击select sfactors，选择转录因子

4. 输入H19的启动子信息，点击view即可获取转录因子与启动子的结合序列信息

数据库优化：该款软件，可预测已经的启动子序列和已知的转录因子，查询预测结合的序列信息，对于未知的转录因子，无法预测

• 1 . 生物信息学概述
• 2 . 生物信息学相关数据库
• 3 . 转录因子相关数据库
• 4 . miRNA与mRNA结合预测
• 5 . LncRNA与miRNA结合预测
• 6 . LncRNA与蛋白RNP结合预测