2. RNA seq

2.1. RNA-seq能告诉我们一些什么信息？

  转录组是指特定组织或细胞在某个时间或某个状态下转录出来的所有RNA的总和，主要包括mRNA和⾮编码RNA。转录组测序是基于Illumina测序平台，研究特定组织或细胞在某个时期转录出来的所有mRNA，是基因功能与结构研究的基础，对理解生物体的:发育和疾病的发生具有重要作用。

  RNA测序(RNA-seq)在过去十年里逐渐成为全转录组水平分析表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具，应用于如单细胞基因表达、RNA翻译(translatome)，RNA结构组(structurome)， RNA-RNA/RNA-Protein的相互作用、空间转录组学(spatialomics)等多种RNA层面的研究(R. Stark, Grzelak, and Hadfield 2019)。

  其中表达水平的探究是转录组领域最热门和基础的方向：利用转录组数据来识别转录本和表达定量，从而对造成细胞/组织/个体间不同状态的差异的内部原因进行诊断分析，挖掘关键基因。

在不同背景下比较mRNA水平：

• 同一物种，不同组织：研究基因在不同组织的表达情况，找到细胞组织特异性的基因；

• 同一物种，同一组织：研究基因在不同处理或条件下的表达变化，挖掘特异的功能基因，指导后续物种改良、疾病诊断等；

• 同一组织，不同物种：研究基因的进化关系；

• 时间序列实验：基因在不同时期的表达情况与其发育的关系，找到发育阶段特异性的基因；

RNA-seq能告诉我们一些什么信息？

• 各个基因在不同生物模型的表达情况

• 不同生物模型之间的显著差异表达基因有些什么

• 这些显著差异表达基因都能富集到什么生物学功能上

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• 1 . ChIP-seq
  • 1.1. ChIP-seq可以告诉我们什么信息
  • 1.2. TF-chip与Histonechip
  • 1.3. superenhancer的分析
  • 1.4. 高级分析
• 2 . RNA-seq
  • 2.1. RNA-seq能告诉我们一些什么信息
  • 2.2. mRNA建库，分析
  • 2.3. ncRNA seq
  • 2.4. go与kegg的意义与David网站