全基因组分析前列腺癌细胞中HOXC4和HOXC6调 控的基因和结合位点

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摘要:

    前列腺癌中通常检测到HOXC6和HOXC4的异常表达。这些转录因子的高表达与侵袭性前列腺癌有关,可以预测癌症治疗后复发。因此,HOXC4和HOXC6是侵袭性前列腺癌的临床相关生物标志物。然而,这些HOXC基因促成前列腺癌的分子机制还不是很清楚。为了开始研究HOXC4和HOXC6在前列腺癌中的作用,作者在siRNA介导的HOXC4/HOXC6的敲除前后进行了RNA-seq分析,还进行了ChIP-seq来鉴定这两个转录因子的基因组结合位点。本篇文章的研究表明,HOXC4和HOXC6与HOXB13,FOXA1和AR共定位,这三个转录因子先前被证明有助于前列腺癌的发展。作者认为异常上调的HOXC4和HOXC6蛋白可能与HOXB13竞争结合位点,从而改变了前列腺转录组。


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1. HOX蛋白介导的前列腺癌转录组调控的竞争模型。

左图:HOXB13在正常前列腺组织中表达,与其靶位点结合并调节前列腺转录组。正常前列腺细胞中HOXC6的水平非常低,因此该TF对基因调节没有帮助。右图:HOXC6在前列腺肿瘤中异常表达,高水平的HOXC6蛋白与HOXB13竞争共同结合位点的占据。结合的HOXC6可能会增加癌基因的表达(如果它募集了一种共激活因子)或降低肿瘤抑制因子的表达(如果它募集了共抑制因子)。

 

1、HOXC4和HOXC6在22Rv1前列腺癌细胞调控转录组的表征

    为了研究HOXC家族成员与前列腺癌之间的关系,作者使用22Rv1细胞作为模型系统来研究HOXC4和HOXC6。以HOXC4或HOXC6m RNA为靶点,用siRNA进行分别敲除和双敲除,处理后差异表达的基因火山图表明,尽管HOXC4和HOXC6都减少了大约相同的量,但受HOXC6敲低影响的基因数量大于受HOXC4敲减影响的基因数量(图1A)。由于两个TF 的DNA结合结构域非常相似,因此,作者还进行了HOXC4和HOXC6的双重敲除,并鉴定了在同时敲除两个HOXC TF时被解除调节的更大基因集(图1B),表明这些TF具有至少部分冗余的功能。通路分析显示,HOXC4或HOXC6的siRNA敲低后被下调的基因与癌症和细胞周期有关(图1C)

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图2.HOXC6和HOXC4调控的基因的鉴定。

(A)在siRNA介导的HOXC6、HOXC4或两者同时敲除后,基因上调或下调的火山图。为便于显示,这些基因的调整p值未显示为刻度;

(B)韦恩图,比较在敲除HOXC6、HOXC4或两者同时进行的基因下调(左图)或上调(右图)。

(C)敲除HOXC6/HOXC4后下调基因的通路分析。



 2、HOXC4和HOXC6在22Rv1前列腺癌细胞基因组结合位点

   由于RNA-seq分析表明HOXC4和HOXC6可能具有冗余功能,因此作者接下来想确定它们在全基因组范围内的结合情况。使用带有Flag标签的HOXC6和HOXC4蛋白进行CHIP-seq分析,HOXC6的CHIP-SEQ分析表明,约73%的HOXC6峰包含典型的富AT的HOX结合基序,该基序位于峰的中心(图2A 上)。然后,作者注释了HOXC6结合位点相对于它们在特定基因组特征中的位置。发现HOXC6峰通常位于远端基因间区域或内含子中(图2A 中)。对HOXC6峰距最近的转录起始位点(TSS)的距离进行了类似的注解,发现HOXC6主要结合到距TSS上游或下游10 kb远的调节元件上(图2A 下)。HOXC4的ChIP-seq实验,确定了位于峰中心的富含AT的基序并且观察到与HOXC6相似的峰分布,该峰与TSS的距离和基因结构有关(图2B)。

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图3.大多数HOXC4HOXC6结合位点都远离TSS

A)上图:显示的是在所有HOXC6结合位点集中确定的最高等级的从头基序; 在以HOXC6峰为中心的-/ + 250bp窗口内显示了基序的富集。 中图:显示的是HOXC6峰相对于基因结构的位置。 下图:显示的是HOXC6峰相对于距最近的TSS的距离的位置。

B)与(A)图相同,但是是针对HOXC4结合位点。

 

3、HOXC6和HOXC4可以结合到无核小体和核小体占据的区域

   HOXC4HOXC6的远侧结合模式表明它们可能是增强子结合的TF。通常将增强子鉴定为以H3K27Ac标记的开放染色质区域。因此,为进一步表明HOXC结合位点,作者使用测序(ATAC-seq)数据转座酶处理染色质的公开检测方法确定了HOXC4HOXC6峰是否位于开放染色质区域。结果表明大多数HOXC6HOXC4结合位点不在开放染色质中(图3A)。由于大多数HOXC4HOXC6结合位点不在ATAC-seq识别的区域内,这使得作者进一步研究了峰的特征。HOXC6HOXC4的结合强度在H3K27Ac +H3K27Ac-峰和ATAC-seq +ATAC-seq峰处大致相等(图3B),这表明HOXC6HOXC4结合在核小体占据的染色质区域与无核小体、活性增强子的TFs结合一样。

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图4.大多数HOXC6HOXC4结合位点位于核小体占据的区域。

A)显示了以HOXC6HOXC4峰的基因组位置为中心的ATAC-seqH3K27Ac ChIP-seq数据的标签密度图和热图。

B)显示的是HOXC6HOXC4峰的标签密度图,分为H3K27Ac标记或未标记的组以及ATAC-seq鉴定为或未鉴定为开放染色质的位点。

 

4.HOXC4、HOXC6和HOXB13共同的结合位点

   有研究表明,果蝇中的不同HOX基因可以与相似的基因组位点结合。为了测试在前列腺癌中上调的人类HOX基因是否也是如此,作者比较了HOXC6和HOXC4的结合位点。发现大多数HOXC4结合位点与HOXC6结合位点重叠(图4A)。因为HOXB13 DNA结合结构域与HOXC6 DNA结合结构域相似为73.7%,所以作者用HOXB13抗体,在22Rv1细胞中进行HOXB13 ChIP-seq。发现37%的HOXB13结合位点也被HOXC4和HOXC6结合。HOXC4或HOXC6共共有2321个HOXB13峰(图4A)。HOXC4,HOXC6和HOXB13共同结合的峰的特征表明,大多数共同结合的位点位于远距离基因间隔区或内含子区域内,距离TSS超过10kb(图4B)。

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图5. HOXC6HOXC4HOXB13与一组常见的调控元件结合。

A)显示的是比较HOXC6HOXC4HOXB13结合位点的三向维恩图。

B)上:显示的是HOXC6HOXC4HOXB13共结合位点相对于基因结构的位置。下:显示的是HOXC6HOXC4HOXB13共结合位点相对于距最近的TSS的距离的位置。



5.HOXC6、HOXC4、HOXB13、FOXA1和AR共同绑定到活性增强剂上


   因为已有报道HOXB13,FOXA1和AR可以共定位于常见的结合位点,所以作者将HOXC4和HOXC6结合位点与FOXA1和AR结合位点进行比较。进行了ChIP-seq识别22Rv1细胞中的FOXA1位点。并使用了两种不同的FOXA1抗体和IDR确认两种抗体都检测到相似的结合位点。作者发现,HOXC4或HOXC6结合位点的强度与关键前列腺癌转录因子HOXB13,FOXA1和AR的结合位点之间存在显著的相关性(图5A)。然而,只有一个结合位点的子集被所有5个TFs绑定。有趣的是,这个位点的子集是位于以H3K27A为标记的开放染色质中的位点(图5B)。

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5. HOXC6HOXC4HOXB13FOXA1AR与活性增强子共结合。

A 显示的是HOXC4HOXC6HOXB13FOXA1,和AR热图以HOXC4HOXC6HOXB13FOXA1AR结合位点的基因组位置为中心。每行代表该行旁边显示的TF结合位点的基因组位置。在每一列中,红色框概述了给定因子的结合位点,该位点映射在同一因子的结合位置。

B)显示的是HOXC6HOXC4HOXB13FOXA1ARATAC-seqH3K27AcH3K4me1数据(以列标题表示)的标签密度图和热图,这些数据以与HOXC6HOXC4HOXB13共同结合的位点的基因组位置为中心。





 




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