CHIP 染色质免疫沉淀技术

染色质免疫沉淀技术（ChIP，Chromatin Immunoprecipitation Assay）通过与染色质片段共沉淀和qPCR技术，在体内检测与特异蛋白质结合的DNA片段。ChIP技术最大的优点就是在活体细胞状态下研究了蛋白质和目的基因结合状况，减少了体外实验的误差。在活体细胞中，先对与调节蛋白结合的染色质进行分离，然后通过一定的方法（例如：超声波）随机剪切染色质，用调节蛋白的抗体沉淀目的染色质，再通过一定手段把目的染色质上的蛋白质去除掉，最后用qPCR等方法检测鉴定共沉淀的DNA片段的特性。

CHIP实验过程中我们设置一系列的质控标准确保每一步实验的真实有效，如WB检测抗体和蛋白的表达，染色体断裂效果以及最后产物Q-PCR检测的跑胶图。具体示例如下图所示：

WB检测相应抗体效果和转录因子在细胞核内表达。

细胞核抽提物被经过超声波打断或核酸酶酶解后DNA电泳，表示基因组DNA被打断成500bp左右的片段，方便后续的免疫共沉淀实验。

ChIP-qPCR实验后，体系内的DNA片段扩增物进行DNA电泳，检测qPCR扩增产物是否和设计相符，以及检测是否有引物二聚体产生影响实验。

CHIP实验结果一般为产物的Q-PCR结果数据或者高通量测序数据，如图为CHIP产物的Q-PCR结果数据。

未处理组（Mock）与处理组（Treat）转录因子1（TF1）分别与目的基因启动子调控区域A区域、B区域、C区域、D区域、E区域、F区域、G区域、H区域、I区域的结合情况比较。未处理组（Mock）：转录因子1（TF1）与目的基因启动子调控区域A、B、G、H有结合，但与D、E、I区域有不明显的少量结合，且与C、F组不结合。处理组（Treat）：转录因子1(TF1)与目的基因启动子调控区域A、B、C、D、E、F、G、H、I均有结合，且与A、B、G、H区域的结合经处理后明显的大量提升，且原本不结合的C、F区域处理后有少量结合，对D、E、I区域的结合情况无明显改变。

• 1 . 基因表达调控
  • 1.1. 表观遗传修饰调控
  • 1.2. 转录水平调控
  • 1.3. 转录后水平调控
• 2 . 基因表达调控实验技术
  • 2.1. CHIP 染色质免疫沉淀技术
  • 2.2. RIP RNA结合蛋白免疫沉淀技术
  • 2.3. CHIRP 免疫共沉淀实验
  • 2.4. CLIP实验技术
  • 2.5. RNA pull-down
  • 2.6. DNA pull-down
  • 2.7. RNA-RNA pull-down
  • 2.8. Luciferase 荧光素酶实验
  • 2.9. DNA/RNA EMSA 凝胶电泳迁移实验
  • 2.10. FISH 免疫荧光原位杂交技术
  • 2.11. ​核质分离