DNA/RNA EMSA 凝胶电泳迁移实验

凝胶迁移或电泳迁移率实验（electrophoretic mobility shift assay，EMSA）是一种研究DNA/RNA结合蛋白和其相关的DNA/RNA结合序列相互作用的技术，可用于研究DNA/RNA结合蛋白和其相关的DNA/RNA结合序列相互作用、DNA/RNA定性和定量分析。生物素标记的探针依研究的结合蛋白的不同，可是双链或者是单链。

如上图所示，DNA-复合物比非结合的探针移动得慢；当检测DNA结合蛋白，可用纯化蛋白、部分纯化蛋白或核细胞抽提液；竞争实验中采用含蛋白结合序列的DNA片段和寡核苷酸片段（特异）和其它非相关的片段（非特异），来确定DNA结合蛋白的特异性；在竞争的特异和非特异片段的存在下，依据复合物的特点和强度来确定特异结合。

在EMSA实验过程中我们设置一系列的质控标准以确保每一步实验的真实有效，如DNA片段PCR扩增跑胶图、体外转录产物跑胶图。具体示例如下图所示（DNA EMSA）：

EMSA探针跑胶检测：

EMSA结果为凝胶电泳迁移图，示例如下图所示：

组别1为阴性对照；组别2中生物素标记的检测基因（LXRE2）与蛋白结合，出现条带迁移；组别3中没有标记的基因（LXRE）竞争性与蛋白结合，LXRE2条带不迁移；组别4中对LXRE进行突变，LXRE2条带重新发生迁移。从实验结果可以明确LXRE2为与调控蛋白特异结合的位点。

• 1 . 基因表达调控
  • 1.1. 表观遗传修饰调控
  • 1.2. 转录水平调控
  • 1.3. 转录后水平调控
• 2 . 基因表达调控实验技术
  • 2.1. CHIP 染色质免疫沉淀技术
  • 2.2. RIP RNA结合蛋白免疫沉淀技术
  • 2.3. CHIRP 免疫共沉淀实验
  • 2.4. CLIP实验技术
  • 2.5. RNA pull-down
  • 2.6. DNA pull-down
  • 2.7. RNA-RNA pull-down
  • 2.8. Luciferase 荧光素酶实验
  • 2.9. DNA/RNA EMSA 凝胶电泳迁移实验
  • 2.10. FISH 免疫荧光原位杂交技术
  • 2.11. ​核质分离